Bazo imaš lahko eno za 100 aplikacij, pazit moraš samo, da niso enaka imena tabel v bazi. Na primer:
Ko nameščaš joomlo, ti že samodejno ponudi predpono za tabele (mislim da jos_[imetabele[). To lahko recimo spremeniš v joomla_, tako da potem ko želiš podatke izvozit/migrirat/delat backup enostavno najdeš tabele.
Za galerijo daš predpono galerija_ in tako naprej... le prepričaj se, da aplikacija, ki jo nameščaš, to omogoča. Napiši, kaj boš nameščal, pa ti lahko potem povemo. Skratka za joomlo ni težav.
Torej da se vse, le bolj "elegantno" je, če imaš za vsako aplikacijo svojo bazo. Elegantno iz vidika direktnega upravljanja z bazo (recimo z uporabo phpmyadmina), ko recimo odpreš bazo joomla veš, da gledaš samo podatke od joomle. Odpreš bazo od galerije, veš da so samo podatki od galerije.
Long story short, če imaš možnost imet bazo za vsako aplikacijo posebej, go for it.